Фамилия Мякиш — одно из тех прозвищных именований, которые не имеют отношения к имени крестильному, а напрямую описывают человека. В основе лежит слово «мякиш» — мягкая часть хлеба, но прозвище, скорее всего, относилось не к выпечке, а к самому человеку. Так могли назвать тучного, рыхлого, «мягкотелого» мужчину. Однако не менее правдоподобна версия, что прозвище отражало характер: от прилагательного «мягкий» в значении «кроткий, уступчивый», «душевный, отзывчивый», «лишенный резкости и грубости». В этом случае Мякиш — человек покладистый и незлобивый.

Есть и третья, более редкая гипотеза, которая уводит нас в профессиональную сферу. Она связывает прозвище со словом «мякоть», имевшим в разных говорах вполне конкретные значения. В пермских говорах мякотью называли мелкие отруби, в тульских — связку льна, а в ярославских — паханую землю, поле, с которого снят один хлеб. Если принять эту версию, то Мякиш — прозвище «профессиональное», указывающее на род занятий: предок мог быть мельником, имеющим дело с отрубями, или земледельцем, работающим на «мякоти». Правда, эта гипотеза выглядит менее убедительной, чем «характерологическая», — слишком уж естественно прозвище ложится на внешность или нрав человека, тогда как профессиональное прочтение требует дополнительных допущений.

Фамилия древняя, и это подтверждает «Ономастикон» академика С. Веселовского. Там упоминаются Мякиш, крестьянин, 1480 год, Новгород; Самойло Мякишев, крестьянин, 1469 год, Белоозеро; Истома Иванович Мякишев, 1552 год, Переяславль. То есть уже в XV–XVI веках прозвище бытовало в разных землях — от новгородских до переяславских, причем активно использовалось как самостоятельное имя, от которого затем возникали фамилии на -ев.

В более поздних архивных записях фамилия встречается и на западных рубежах. В архивах белорусского общества «Мемориал» записаны белорус Мякиш Александр Адамович, родившийся в 1895 году в деревне Лавница Борисовского района Минской области, и поляк Мякиш Болеслав Иванович, рожденный в 1898 году в деревне Ходюки Лидского района Гродненской области. Эти записи показывают, что фамилия не была строго привязана к одному региону или этносу — она встречалась и у белорусов, и у поляков, что лишний раз подтверждает её прозвищное, «народное» происхождение, не связанное с сословными или национальными границами.

Сама форма фамилии — без суффикса, чистая основа — говорит о том, что перед нами не позднее канцелярское образование, а прямое перенесение прозвища в фамильное имя. Такое случалось, когда прозвище было настолько распространено и узнаваемо, что не требовало дополнительного оформления. Однокоренные варианты вроде Мякишев образовывались уже позже, по стандартной модели, но именно форма Мякиш сохранила память о том самом человеке, которого когда-то так окрестили за мягкость — душевную или телесную.