Фамилия Мякишков звучит «мягко» и даже немного по-домашнему, но за этой кажущейся простотой стоит неочевидная история. Вопреки первому впечатлению, её основа — не обязательно прямое указание на мягкотелый характер предка. Скорее всего, корень здесь — прозвище Мякиш, которое в русских говорах имело несколько значений.

Самое прямое и распространённое — «мякиш» как мягкая часть хлеба, противоположная корке. В переносном смысле так могли назвать человека изнеженного, нежного, не привыкшего к грубой работе. Но в диалектах слово «мякиш» имело и другие, более конкретные значения. Например, в некоторых областях так называли слабого, болезненного человека или, наоборот, ленивого и вялого. Встречалось и ироничное прозвище для полного, «рыхлого» человека — по ассоциации с мякотью.

Модель образования фамилии стандартна для центральной России: прозвище Мякиш плюс притяжательный суффикс -ов. Суффикс -к- в основе (Мякиш-к-ов) — уменьшительный или уничижительный, то есть полная форма могла звучать как Мякишко. В старину так звали не просто «сына Мякиша», а, скорее, «внука» или «маленького Мякиша». Эта двойная суффиксация (-к- + -ов) встречается реже, чем простая, и указывает на то, что прозвище закрепилось за родом не в первом поколении.

Есть и менее очевидная, но вполне реальная версия: фамилия могла возникнуть не от прозвища, а от названия профессии или занятия. В некоторых говорах «мякишем» называли того, кто мял лён или кожи — то есть «мяльщика». Глагол «мякать» (мять, разминать) дал бы ту же самую основу. Тогда предок Мякишковых был не мягкотелым, а, наоборот, занимался физическим трудом, связанным с размягчением сырья.

Фамилия редкая и не имеет чёткой географической привязки к одному региону. Она встречается разрозненно — от Псковской области до Урала, что говорит о её бытовом, а не сословном происхождении. В дворянские родословные книги Мякишковы не попали: это стопроцентно крестьянская или мещанская фамилия, возникшая в среде, где прозвища давали по внешности, характеру или ремеслу, а не по имени отца.