Фамилия Мякишева образована от прозвища Мякиш. Скорее всего, так в старину называли либо тучного, мягкотелого человека, либо, напротив, уступчивого и слабохарактерного. Основа здесь — нарицательное «мякиш», то есть мягкая часть печёного хлеба, а в переносном смысле — нечто рыхлое, податливое. Прозвище цеплялось к человеку по внешности или по нраву, и оба значения могли сосуществовать: трудно сказать, что чаще подмечали окружающие — грузную фигуру или безвольный характер.

Прозвище Мякиш и фамилия, от него образованная, довольно старые. Об этом свидетельствует «Ономастикон» академика С. Веселовского, где упоминаются Мякиш, крестьянин, 1480 г., Новгород; Самойло Мякишев, крестьянин, 1469 г., Белоозеро; Истома Иванович Мякишев, 1552 г., Переяславль. Эти записи показывают, что уже в XV–XVI веках прозвище бытовало в разных русских землях — от новгородских и белозерских до переяславских, причем среди крестьян. То есть фамилия не была дворянской или книжной, а вышла из народной среды.

Словообразовательная модель проста и типична для русских фамилий: к основе Мякиш добавили притяжательный суффикс -ев, указывающий на принадлежность. Первоначально Мякишев означало «сын Мякиша», «ребенок того, кого звали Мякиш». Форма Мякишева — женский вариант той же фамилии, который закрепился в документах как указание на женщину или на членов семьи через главу рода.

Интересно, что фамилия сохранила исходное прозвище почти без изменений, не превратившись в более «благозвучные» формы. Это говорит о том, что прозвище не воспринималось как обидное — скорее как бытовая, даже ласковая характеристика. В северных говорах слово «мякиш» могло означать и нечто размякшее, отсыревшее, но для прозвища человека это значение маловероятно.

Таким образом, потомок человека по прозвищу Мякиш со временем получил фамилию Мякишева. Судя по ранним упоминаниям, она возникла в крестьянской среде Новгородской земли и Белоозера, а затем распространилась шире. Сегодня фамилия встречается в разных регионах России, но её корни прочно связаны с северо-западными и центральными землями, где фиксировали первых носителей.