Фамилия Мякишев — одна из тех русских фамилий, что родились не из церковного календаря, а из живого разговорного прозвища. В её основе лежит слово «мякиш». Так в старину могли назвать человека по двум разным причинам. Первая — внешность: тучный, рыхлый, «мягкотелый» человек. Вторая — характер: уступчивый, покладистый, тот, кого легко «перемять», как хлебный мякиш. Прозвище цепкое и наглядное, поэтому оно быстро прижилось и дало начало целому гнезду фамилий.

Древность фамилии подтверждает «Ономастикон» академика С. Веселовского. Там мы находим прямые следы бытования прозвища в XV–XVI веках: Мякиш, крестьянин, 1480 год, Новгород; Самойло Мякишев, крестьянин, 1469 год, Белоозеро; Истома Иванович Мякишев, 1552 год, Переяславль. Обратите внимание на даты: фамилия (или отчество, которое её породило) встречается уже в середине XV века. Это значит, что прозвище Мякиш возникло ещё раньше, а к моменту письменной фиксации успело стать наследственным именем — по крайней мере, в случае с Самойлой Мякишевым мы видим уже готовую фамильную форму на -ев.

Разбор словообразовательной модели прост и прозрачен. К основе «Мякиш» добавили патронимический суффикс -ев, который указывает на принадлежность: Мякишев — сын Мякиша. Форма на -ев, а не на -ов, объясняется тем, что основа заканчивается на мягкий шипящий «ш», после которого в древнерусской традиции писался и произносился именно -ев. Это типовая модель для русских фамилий от прозвищ, оканчивающихся на шипящий: сравните с фамилиями Ежов, Ужов или, скажем, Кирпичёв.

Интересна география ранних упоминаний. Новгород, Белоозеро, Переяславль — это северные и центральные русские земли, зона активного формирования фамилий ещё в допетровскую эпоху. Крестьяне, носившие прозвище Мякиш, не были знатными людьми, но именно в крестьянской среде такие меткие, бытовые прозвища передавались из поколения в поколение и закреплялись в документах. То, что мы видим Мякишевых среди крестьян уже в XV веке, говорит о том, что фамилия не пришлая, не книжная, а выросла из народной почвы.

Версия о происхождении от прозвища — основная и наиболее правдоподобная. Альтернативные объяснения, например, связь с названием реки или местности, для этой фамилии не подкреплены источниками, так что их можно отбросить. Потомок человека по прозвищу Мякиш со временем получил фамилию Мякишев, и в этом смысле фамилия — короткий портрет далёкого предка: либо плотного, мягкого телом, либо уступчивого нравом.