Фамилия Мякишев образована от прозвища Мякиш. Скорее всего, так называли либо тучного, мягкотелого, либо уступчивого, слабохарактерного человека. Прозвище Мякиш и образованная от него фамилия довольно старые, о чем свидетельствует «Ономастикон» академика С. Веселовского, где упоминаются Мякиш, крестьянин, 1480 г., Новгород; Самойло Мякишев, крестьянин, 1469 г., Белоозеро; Истома Иванович Мякишев, 1552 г., Переяславль. Таким образом, потомок человека, обладающего прозвищем Мякиш, со временем получил фамилию Мякишев.