Фамилия Мыльцина — женская форма фамилии Мыльцин, и её разбор лучше начать не с корня, а с суффикса. Суффикс -ин указывает на принадлежность: в русской ономастике фамилии на -ин образовывались от основ, оканчивающихся на -а или -я. Здесь основа — Мыльц(а), то есть прозвище или имя Мылец в родительном падеже. Это не мыло в прямом смысле, а уменьшительно-ласкательная форма от имени или прозвища Мыло.

Корень «мыл-» в древнерусском языке имел два значения. Первое — прямое, связанное с мытьём и мылом. Второе — переносное: «мыло» могло быть прозвищем человека с белой, чистой кожей или, наоборот, того, кто любил чистоту, мылся часто. Встречались и ироничные прозвища — «мыло» для человека скользкого, увёртливого. Имя Мыло зафиксировано в древненовгородских берестяных грамотах XIII века, что делает эту версию не гипотетической, а вполне реальной.

Фамилия Мыльцин — патронимическая: её получили дети или потомки человека по прозвищу Мылец (Мыльцо). Форма Мыльцина, соответственно, означает «принадлежащая Мыльцину», то есть жена или дочь носителя фамилии Мыльцин. Географически фамилия редкая, сконцентрирована в центральных и северных областях России, особенно в бывших новгородских землях, где были распространены прозвища на -ец.

В отличие от более частых фамилий вроде Мыльников (от ремесла мыловара), Мыльцин не указывает на профессию предка, а именно на личное прозвище. Это важное различие: носитель фамилии Мыльцина мог происходить от человека, которого в деревне звали Мылец за какую-то заметную черту — чистоплотность, бледность или, возможно, за характер.