Фамилия Мальцина — женская форма, а мужская, Мальцин, образована по одной из самых распространённых в русском языке моделей: с помощью суффикса -ин. Этот суффикс указывает на принадлежность: Мальцин буквально значит «сын Мальцы» или «человек из семьи Мальцы». Вопрос упирается в то, что скрывается за основой «Мальц-».

Здесь нет однозначного ответа, но есть две основные версии, и обе они правдоподобны. Первая связывает фамилию с прозвищем Мальца. В русских говорах «мальца» — уменьшительное от «малец», то есть парень, подросток. Прозвище могли дать молодому, невысокому или младшему в семье мужчине. Такие прозвища на -ца (Мальца, Умница, Гордеца) в старину были нередки, а суффикс -ин легко превращал их в фамилии.

Вторая версия — топонимическая. Фамилия могла возникнуть от названия населённого пункта вроде Мальцы, Мальцево или Мальцино. Таких деревень и сёл немало, особенно в центральной России и на Урале. Переселенец, покинувший родную Мальцу, получал прозвище Мальца или сразу фамилию Мальцин — по названию места, откуда пришёл.

Важно отметить, что фамилия Мальцина — не путать с гораздо более распространённой Мальцевой. Мальцевы пошли от имени Маль (маленький) или от прозвища Малец, а Мальцины — от формы с суффиксом -ца. Это разные словообразовательные гнёзда, хотя на слух они близки. Встречаемость фамилии Мальцина невысока, что говорит о её локальном происхождении: скорее всего, она закрепилась в одном-двух регионах, а не разошлась по всей стране.

Исторически носители фамилии Мальцин могли быть крестьянами или посадскими людьми — дворянских родов с такой фамилией не зафиксировано. В документах XVII–XVIII веков, например, в переписных книгах, иногда встречаются крестьяне по прозвищу Мальца, но в регулярные фамилии эти прозвища превратились позже, в XIX веке. Так что предки современных Мальциных — скорее всего, простые люди, чьё прозвище или место рождения закрепилось в родовом имени.