Фамилия Мышковскии — это редкий случай, где написание подсказывает происхождение больше, чем произношение. Окончание «-ии» вместо привычного «-ий» указывает на то, что перед нами не стандартная русская фамилия, а польская или белорусская, записанная в старой орфографии. В польском языке фамилии на -ski (мужской род) в именительном падеже дают окончание -i после мягких и шипящих основ. В русских документах XIX — начала XX века такие фамилии часто фиксировали как «Мышковский», но если писарь старался передать польское произношение буквально, появлялось написание «Мышковскии» (с двумя «и» на конце). Сейчас это выглядит архаично, но именно такая форма — ключ к географии фамилии.

Основа фамилии — «Мышк-». Самый прямой путь — от названия животного «мышь». Но в польском и западнорусском говорах «мышка» могло быть не только уменьшительным от мыши, но и прозвищем мелкого, юркого или тихого человека. Есть и вторая версия: фамилия могла образоваться от старого польского имени Myszka — ласкательной формы от Michał (Михаил). В этом случае Мышковскии — потомок некоего Мышки, то есть Миши. Обе версии правдоподобны, и без конкретных генеалогических записей выбрать главную сложно, но прозвищная версия (от мыши) встречается в польской ономастике чаще.

Суффикс -ов- и окончание -скии выдают типичную модель шляхетской фамилии. В Польше и Великом княжестве Литовском фамилии на -ski носили в основном дворяне — они указывали на владение местечком или усадьбой. Мышковскии, скорее всего, происходят из населённого пункта вроде Мышково или Мышковичи. Такие топонимы есть в современной Польше (например, Myszki в Подляском воеводстве) и в Беларуси (деревня Мышковичи в Могилёвской области). Если предки были шляхтой, фамилия закрепилась за ними по названию родового гнезда. Если же крестьянами — её могли дать по месту жительства при переходе на постоянные фамилии в XIX веке.

Фамилия редкая. В современной России носители с таким написанием встречаются единично, чаще она бытует в Беларуси и восточной Польше. В русском языке её часто «исправляют» до Мышковский, теряя польский след. Сама двойная «и» на конце — не ошибка, а реликтовая черта, которая помогает отличить подлинную западнославянскую фамилию от русифицированного варианта.