Фамилия Мышляков образована от прозвища Мышляк. В основе лежит древнерусское слово «мышлять» — мыслить, размышлять, замышлять. Соответственно, Мышляком могли назвать человека рассудительного, склонного к раздумьям, либо, наоборот, того, кто постоянно что-то замышлял — хитреца или пройдоху. В говорах у слова «мышлять» есть и оттенок «медлить, колебаться», так что прозвище могло закрепиться за нерешительным человеком.

По модели образования это типичная патронимическая фамилия на -ов: суффикс присоединялся к основе прозвища, указывая на принадлежность — «сын Мышляка». В русском ономастиконе встречаются однокоренные фамилии: Мышляев, Мышкин, Мышков. Мышляков стоит особняком из-за редкого суффикса -як, который в прозвищах часто придавал оттенок характерности («кривляка», «гуляка»). То есть Мышляк — не просто «мыслящий», а человек с ярко выраженной чертой: размышляющий, задумчивый или хитроватый.

Географически фамилия привязана к центральным и поволжским регионам России. В переписных книгах XVII века встречаются крестьяне и посадские люди с этой фамилией в Нижегородском и Костромском уездах. Сословно предки Мышляковых, скорее всего, были крестьянами или ремесленниками — в дворянских родословных книгах фамилия не фиксируется.

Версия о происхождении от слова «мышь» (через уменьшительное «мышляк») менее убедительна: в русских говорах такая форма для мыши не зафиксирована, а прозвища от названий животных обычно образовывались иначе (Мышонок, Мышкин). Так что основная и самая правдоподобная версия — от глагола «мышлять», и носитель фамилии Мышляков — потомок человека, которого в округе знали как раздумчивого или неспешного в решениях.