Фамилия Мышлякова — женская форма фамилии Мышляков, и её происхождение напрямую связано с прозвищем или мирским именем Мышляк. В основе лежит слово «мышь», но не в прямом значении грызуна, а в переносном, которое в русских говорах имело несколько смыслов. Чаще всего Мышляком называли человека тихого, незаметного, юркого или того, кто умел «мышковать» — то есть промышлять мелким воровством или скрытно добывать пропитание. В некоторых диалектах «мышляк» означало ещё и «ласка» или «хорёк», что добавляет прозвищу оттенок ловкости и хитрости.

Суффикс -як в фамилии типичен для прозвищной модели: он образовывал названия людей по характерному признаку или действию (сравните: Бродяга — Бродяков, Косой — Косяков, Мышляк — Мышляков). Притяжательный суффикс -ов указывает на то, что фамилия означает «сын Мышляка» или «принадлежащий Мышляку». Таким образом, первый носитель фамилии Мышляков был потомком человека с прозвищем Мышляк.

Географически фамилия Мышляковы встречается в нескольких регионах, но особенно заметна в Вятской и Пермской губерниях, а также в Поволжье. В этих местах слово «мышлять» (от «мышь») бытовало в значении «красть по мелочи» или «промышлять тайком», что подтверждается местными говорами. Встречается фамилия и у староверов, что может указывать на возможную связь с прозвищем, данным за скрытный образ жизни в период раскола.

Родственные фамилии — Мышкин, Мышков, Мышаков, Мышляев — все они образованы от разных производных слова «мышь», но Мышляков выделяется именно уменьшительно-прозвищной формой с суффиксом -як, что делает её более конкретной и бытовой. В отличие от книжных или топонимических фамилий, Мышляковы в большинстве своём происходят из крестьянской или мещанской среды, где прозвища давали по поведению или занятию, а не по роду деятельности.