Фамилия Мытарева происходит от прозвища Мытарь, которое в древности давали сборщику податей. Слово «мытарь» пришло в старославянский язык из Ветхого Завета и восходит к нарицательному «мыто» — так в Иудее называлась пошлина за ввоз товаров. Соответственно, мытарями именовали людей, которые эту пошлину собирали.

В русском языке за этим словом закрепилось и переносное значение. Мытарем называли мелочного, плутующего человека, живущего неправедной корыстью, обманщика. В Сибири же мытарем звали любого барышника, перекупщика или просто зажиточного человека, что говорит о региональных особенностях употребления слова.

Не исключено также, что фамилия восходит к глаголу «мытарить», то есть «обманывать», «промышлять нечестными своекорыстными налогами», а также «тормошить, мучить, издеваться» или «бездумно тратить, проматывать, жить не думая о будущем». Такая многозначность основы показывает, что прозвище Мытарь могло характеризовать не только род занятий, но и особенности поведения, склада характера предка.

Суффикс -ев в фамилии указывает на притяжательную модель образования: потомок человека по прозвищу Мытарь получал фамилию Мытарев, а в женском роде — Мытарева. Это типичная для русских фамилий схема, когда имя или прозвище отца становилось основой для фамилии детей.