Фамилия Мытарина — женская форма, а её мужской вариант Мытарин. В основе лежит слово «мытарь». В древнерусском языке так называли сборщика податей, пошлин, налогов. Слово пришло из греческого, где «мыт» означало пошлину. В народной среде мытарь — фигура неоднозначная: с одной стороны, человек при деньгах и власти, с другой — профессия считалась греховной, мытарей не жаловали за лихоимство.

Фамилия образована по самой распространённой в русской ономастике модели: от прозвища или названия профессии (Мытарь) плюс типичный суффикс принадлежности -ин. Суффикс указывает на того, чей это человек: «Мытарин» буквально означало «сын мытаря» или «человек из семьи мытаря». Такая модель типична для северных и центральных областей России, где фамилии на -ин так же частотны, как на -ов.

Интересная деталь: в отличие от многих «профессиональных» фамилий, у Мытарина есть редкий семантический нюанс. Слово «мытарь» в церковнославянской традиции стало нарицательным для грешника, но в бытовой речи XVII–XVIII веков оно сохраняло прямой смысл — сборщик. Поэтому предок носителя фамилии мог быть либо реальным служилым человеком, занятым на таможне или сборе дани, либо получить прозвище за характерную черту — прижимистость, дотошность в денежных делах.

Встречаются однокоренные фамилии: Мытарев, Мытарёв, Мытов. Вариант с суффиксом -ин (Мытарин) реже, чем с -ев, что делает фамилию более локальной. Географически она тяготеет к Поволжью и Уралу — в переписях XIX века Мытарины фиксировались в Вятской и Пермской губерниях, где мытарями называли не столько государственных сборщиков, сколько откупщиков и торговых посредников.