Фамилия Мытарин — редкий случай, когда прозвище застыло в форме, сохранившей прямое указание на занятие предка. В основе лежит слово «мытарь», но не в его современном бытовом значении, а в древнерусском и церковнославянском. В Древней Руси мытарем называли сборщика податей, пошлин, торговых налогов. Это была должность одновременно доходная и презираемая: мытарей не любили, их обвиняли в лихоимстве, и само слово в народной среде стало почти бранным (вспомним евангельское «мытарь и фарисей»). Прозвище Мытарь могли дать либо человеку, который действительно служил сборщиком, либо, что вероятнее, тому, кто отличался требовательностью, прижимистостью или умением «выколачивать» долги.

Суффикс -ин указывает на принадлежность: Мытарин — сын Мытаря. Такая модель типична для русских фамилий, образованных от прозвищ и личных имён, оканчивающихся на согласный или -а/-я. Мытарин буквально значит «чей? — Мытарев». Фамилия не могла возникнуть в среде высшего сословия: сборщики податей были людьми служилыми, но не боярскими. Скорее всего, предки носителя фамилии относились к посадским людям, крестьянам или мелким приказным — тем, кто получал прозвище по занятию или черте характера.

Интересно, что фамилия Мытарин географически привязана к северным и центральным областям России. В старых переписных книгах XVII–XVIII веков встречаются крестьяне и посадские с прозвищем Мытарь в Вятке, Пермской губернии, на Урале. Это подтверждает, что прозвище не было редким, но фамилия, закрепившаяся именно в форме Мытарин, встречается нечасто. Сравните с однокоренными Мытарёв и Мытарский: первая образована тем же суффиксом -ев (фонетический вариант -ов после мягкого р), вторая — типично семинарская, от латинизированной или книжной основы.

В современном русском языке слово «мытарить» означает «мучить, истязать, заставлять страдать» — вторичное значение, развившееся из народного отношения к сборщикам податей. Однако к фамилии Мытарин это отношение не имеет прямого касания: фамилия старше этого переносного смысла и восходит к прямому профессиональному названию.