Фамилия Мытин образована от личного прозвища Мытя, которое в старину давали человеку по роду его занятий или складу характера. Основа прозвища — диалектный глагол «мытить», означавший «собирать плату» или «отдавать, брать внаем, в аренду». Отсюда первая и самая вероятная версия: Мытей называли сборщика податей, человека, который взимал пошлину за проезд или провоз товаров. В Древней Руси такая деятельность была связана с понятием «мыт» — так именовали саму пошлину и место, где ее собирали. Позже слово закрепилось за арендными отношениями, поэтому прозвище могли дать и хозяину помещений, сдававшихся под жилье.

Существует и вторая трактовка, менее лестная для предка. Она возводит прозвище к глаголу «мытарить» — «обманывать», «промышлять нечестными своекорыстными делами», а также «мучить, издеваться» или, напротив, «бездумно тратить, проматывать». В этом случае Мытей могли прозвать человека с тяжелым, придирчивым нравом либо того, кто жил легко и нерасчетливо, не думая о завтрашнем дне. Обе версии правдоподобны, но первая опирается на прямое значение слова «мыт», широко известное по историческим документам, поэтому выглядит убедительнее.

Словообразовательная модель фамилии проста: к основе Мытя добавили патронимический суффикс -ин, который в русском языке указывал на принадлежность. Форма Мытин буквально значила «сын Мыти» или «человек из рода Мыти». Такие фамилии на -ин чаще всего встречались на севере и в центральных областях России, где были распространены краткие прозвищные формы имен.

Любопытно, что фамилия не связана с современным словом «мыть» — в значении «наводить чистоту» этот глагол исторически не использовался при образовании прозвищ. Родственными по корню оказываются старинные фамилии Мытарев, Мытников, Мытов, которые тоже восходят к сфере торговых пошлин и сборов. В писцовых книгах XVI–XVII веков упоминаются люди с прозвищем Мытя, но проследить конкретную генеалогическую линию современных Мытиных по документам той поры сложно: крестьянские и посадские фамилии закрепились в большинстве своем лишь к XVIII–XIX векам.

Таким образом, в основе фамилии лежит живое прозвище, отражавшее либо профессию предка, связанную с денежными сборами и арендой, либо его характер. Потомок человека по прозвищу Мытя со временем получил фамилию Мытин, которая и закрепилась за его родом.