Фамилия Мытова — женская форма фамилии Мытов, и в её основе лежит неслучайное созвучие со словом «мыт». В отличие от многих фамилий, образованных от названий профессий, здесь корень указывает не на человека, который моет, а на сборщика пошлины. В Древней Руси «мытом» называли торговую пошлину, а «мытником» — человека, который её взимал. Прозвище Мыто или Мытый мог получить либо сам сборщик, либо, по другой версии, человек, который регулярно платил этот сбор, то есть торговец, чей товар «проходил мыт». Словообразовательная модель типична для русских фамилий: к основе «мыт» добавили патронимический суффикс -ов, что буквально означает «сын Мытого» или «из семьи Мытовых».

Реже встречается версия, связывающая фамилию с диалектным словом «мыт» в значении «линька у птиц» или «смена шерсти у зверей». В этом случае прозвище Мытый могли дать человеку с редкими волосами или с каким-то особенным внешним признаком, напоминающим о процессе обновления. Однако первая версия — профессиональная — выглядит убедительнее, поскольку подобные фамилии (Таможников, Таможенников) хорошо известны, а «мыт» как пошлина — понятие исторически широкое.

В географическом плане фамилия Мытова встречается преимущественно в центральных и северных регионах России, что коррелирует с историческими торговыми путями, где существовали мытные заставы. В документах XIX века носители фамилии чаще всего числились крестьянами или мещанами, а не дворянами, что подтверждает её «простое» происхождение от прозвища. В отличие от фамилии Мытник, которая прямо указывает на профессию, Мытов — более опосредованное именование, которое могло закрепиться за потомками человека, имевшего отношение к мытному делу.