Фамилия Мытко — компактная, но неочевидная. В ней нет привычного суффикса -ов или -ин, а значит, перед нами не отчество от крестильного имени, а прозвище, которое закрепилось за человеком и перешло к потомкам почти без изменений. Окончание -ко характерно для украинской, белорусской и южнорусской традиции: так образовывали фамилии от названий занятий, черт характера или бытовых реалий. Мытко — это человек, связанный с мытом.

Слово «мыто» в древнерусском языке означало пошлину, плату за провоз товара через заставу, за право торговать на рынке или за пользование мостом. Собиратель мыта назывался мытником или мытчиком. Прозвище Мытко могли дать либо самому сборщику, либо человеку, который постоянно платил мыто, например, купцу или возчику. Вторая версия — уменьшительная: Мытко как Мыта, то есть «маленький мытник», сын или помощник сборщика пошлин. Это прозвищная модель, где суффикс -к- не столько уменьшает, сколько указывает на лицо по действию или профессии.

В письменных источниках прозвища на -ко фиксируются с XV–XVI веков, особенно на землях Великого княжества Литовского и в северных уездах Русского государства. Вероятная родина фамилии Мытко — Украина, Беларусь или западные области России (Смоленщина, Брянщина), где была развита внутренняя торговля и существовала система мытных сборов. Встречается фамилия и у казаков: мыто на Запорожье тоже взимали, а прозвище Мытко могло закрепиться за расторопным, «казённым» человеком.

Родственных фамилий несколько: Мытников, Мытник, Мытов, Мытин. Но Мытко стоит особняком — без суффикса принадлежности, в «чистом» прозвищном виде. Это указывает на то, что фамилия закрепилась раньше, чем оформилась массовая модель с -ов/-ев, и что её носители, скорее всего, происходят из среды, где прозвище было самодостаточным именем — мещанской, казацкой или крестьянской.

Других версий, кроме «мытной», практически нет. Слово «мыт» в диалектах означало ещё и «омут, глубокое место в реке», но для прозвища человека это маловероятно: фамилии от гидронимических терминов обычно образуются с топонимическими суффиксами. Поэтому самая надёжная опора — древнерусская налоговая служба. Предки Мытко имели прямое отношение к торговым пошлинам: либо собирали, либо платили, либо жили при мытной заставе.