Фамилия Начаткина — женская форма, а её мужской вариант, Начаткин, образован по одной из самых распространённых в русской ономастике моделей: с помощью суффикса -ин от основы, оканчивающейся на согласный. В данном случае основа — Начатк-, а суффикс указывает на принадлежность: буквально «чей?» — сын или потомок человека по прозвищу Начаток.

Корень здесь — «нача-», восходящий к глаголу «начать» или существительному «начаток». В древнерусском языке «начаток» означало не только «начало», но и «первенец», «первый плод», «первый приплод». Прозвище Начаток могли дать старшему сыну в семье — первенцу, который наследовал хозяйство. В некоторых говорах «начаток» фиксировался и в значении «зачинщик», «заводила» — человек, который первым начинал какое-либо дело, будь то работа, игра или спор.

Менее вероятная, но возможная версия связывает фамилию с церковнославянским словом «начатки» — так называли первые плоды урожая, которые приносили в храм. В таком случае прозвище могло закрепиться за крестьянином, который первым снимал урожай или отвечал за обрядовую часть сбора.

Фамилия Начаткин встречается нечасто, её ареал — преимущественно центральные и северные регионы России, где сохранялись старые диалектные слова. В документах XVII–XVIII веков можно найти упоминания крестьян и посадских людей с этой фамилией в Вологодской и Костромской губерниях — там «начаток» как имя-прозвище бытовало дольше всего.

Таким образом, предок современных Начаткиных — скорее всего, человек, которого в округе знали как первенца или зачинщика. Фамилия не имеет отношения к дворянским родам и не связана с географическими названиями — это чисто прозвищная, народная модель, каких в России тысячи, но каждая со своей историей.