Фамилия Надточенко — яркий пример украинской модели фамилии, образованной не от имени или профессии, а от действия, от глагола. Её основа — глагол «надточити», что значит «наточить, заострить», но в переносном, бытовом смысле — «надоесть, досадить». Человек, получивший такое прозвище, мог быть не в меру навязчивым, дотошным или просто тем, кто постоянно «точил» — придирался, нудел.

Суффикс -енко — самый распространённый в украинской ономастике. Он указывал на сына или потомка: «Надточенко» — буквально «сын Надточеного» (того, кого прозвали Надточеный). Позже суффикс утратил отчество и закрепился как фамильный. В русских фамилиях аналогом такого суффикса выступает -ов/-ев, но в украинской традиции -енко держался дольше и встречается чаще.

Интересно, что фамилия Надточенко — не единственная в этом ряду. Её «родственники» — Надточий, Надточный, Надточеев. Разница в суффиксах показывает, как одно и то же прозвище оформлялось в разных регионах: на юге России и в Беларуси чаще появлялись фамилии на -ий (Надточий), а на Украине — на -енко. При этом вариант Надточенко географически привязан к центральным и восточным областям Украины, а также к югу России, куда украинцы активно переселялись в XVIII–XIX веках.

Версия происхождения от профессионального точильщика маловероятна: для этого было бы логично прозвище Точило или Точильщик, а не «Надточенный». Скорее всего, прозвище носило характер оценки поведения, а не ремесла. В исторических документах фамилия встречается с XVII века среди казацкой старшины и мещан, что говорит о её бытовании в среде свободных людей, а не крепостных крестьян.