Фамилия Нагирнер — редкая и неочевидная с точки зрения русского уха. В ней нет привычных суффиксов -ов, -ин или -ский, а значит, её происхождение лежит за пределами основной массы русских фамилий, образованных от прозвищ или имён. Скорее всего, перед нами искусственная или семинарская фамилия, либо фамилия, принесённая в Россию из других языков.

Первый и самый правдоподобный вариант — немецкое или еврейское (ашкеназское) происхождение. В немецком языке Nagel означает «гвоздь», а суффикс -er часто обозначает профессию: Nagler — «гвоздарь», то есть мастер, изготавливающий гвозди. Фамилия Нагирнер могла возникнуть как вариант Nagirner — с перегласовкой корня или диалектным произношением. В России такие фамилии нередко получали выходцы из немецких колоний или еврейские семьи, записанные чиновниками на слух.

Второй, менее вероятный, но возможный путь — искусственное происхождение в духовной среде. В семинариях фамилии нередко калькировали с латыни или греческого. Латинское niger означает «чёрный». От него могла образоваться фамилия Нагирнер (через Niger → Nagirner) — как указание на цвет волос, смуглую кожу или монашеское смирение. Однако эта версия слабее: для «чёрного» в семинариях чаще использовали фамилии Чернов, Чернышевский или Нигер (без суффикса -нер).

География фамилии Нагирнер подсказывает, что её носители встречаются в основном на западе России и в странах бывшего СССР, но не массово. Это фамилия, которая почти наверняка не ведёт род от крестьянского прозвища — её корни надо искать в ремесленных или интеллигентских кругах конца XVIII–XIX века. Если ваш предок носил фамилию Нагирнер, он мог быть мастеровым, работавшим с металлом, либо выходцем из немецкой колонии, где фамилии давались по профессии.