Фамилия Наматов — одна из тех, где на первый взгляд понятный корень скрывает неожиданное разнообразие возможных значений. В основе лежит имя или прозвище Намат. Оно не принадлежит к числу распространённых русских календарных имён, поэтому его происхождение нужно искать в тюркских языках, а также в дохристианских или диалектных пластах русского языка.

Самая вероятная версия — тюркская. В ряде тюркских языков (татарском, башкирском, казахском) слово «намат» или близкое к нему может означать «редкий», «отборный», «драгоценный». В таком случае Намат — это пожелательное или описательное имя, которое родители могли дать долгожданному ребёнку: «драгоценный», «редкостный». Фамилия образована по стандартной русской модели с суффиксом -ов, то есть «сын Намата». Географически такая фамилия чаще всего встречается в Поволжье, на Урале и в Западной Сибири — регионах, где веками происходил активный контакт славянского и тюркского населения.

Существует и менее очевидная, но возможная версия, связанная с русскими диалектами. В некоторых говорах слово «намат» могло быть искажением или вариантом слова «намет» — «навык», «сноровка», «опыт». В таком случае прозвище Намат давали умелому, бывалому человеку. Эта гипотеза менее убедительна, поскольку письменных фиксаций такого прозвища в исторических источниках почти нет, но полностью исключать её нельзя.

Фамилия Наматов — недворянская, скорее всего, крестьянская или мещанская. Суффикс -ов указывает на то, что она формировалась в центральных и южных районах России, где эта модель была основной. Встречается фамилия нечасто, что подтверждает её связь с относительно редким исходным именем. Носители фамилии сегодня живут в основном в Татарстане, Башкортостане, Оренбургской и Челябинской областях.