Фамилия Напольких стоит в ряду так называемых «застывших» форм родительного падежа множественного числа — суффикс -их/-ых. Это сразу указывает на её северное или северо-восточное происхождение: такие фамилии типичны для Вологодчины, Архангельской губернии, Вятки, Пермского края. В отличие от фамилий на -ов/-ин, которые принадлежали одному человеку, фамилии на -их/-ых закреплялись за целым родом или домом: «Чьи будете?» — «Напольких». То есть ответ означал «из семьи тех, кто живёт на полу, внизу» или «из рода Напольских».

Основа фамилии — прилагательное «напольный», то есть «находящийся на полу», «нижний». В крестьянском быту так могли называть человека, который жил в нижней части дома, в подклете, или работал на полу (например, ткач, работавший на напольном станке). Есть и другая, более прозаическая версия: «напольный» означало «полевой», то есть тот, кто трудится в поле, а не в избе. Однако для прозвища, ставшего фамилией, чаще брали бытовое, конкретное значение — «живущий на полу», в отличие от «подклетных» или «горничных».

Интересно, что в русских говорах слово «напольный» могло относиться и к полу в значении «половина» — например, к человеку, владевшему половиной избы или земли. Но наиболее вероятным остаётся прозвище по месту в доме: в крестьянской избе на полу спали дети и бедные родственники, так что Напольких — потомки тех, кто занимал самое скромное место у порога.

В написании фамилия сохранила архаичное окончание -их, которое в современном русском языке не склоняется. Это делает её «живым» памятником диалектной речи: если бы фамилия образовалась в центральных губерниях, она скорее приняла бы форму Напольнов или Напольнин. Поиск по переписям XIX века показывает, что фамилия Напольких встречается в основном в Кировской области и Пермском крае, что подтверждает её «северную» природу.