Фамилия Насильникова почти наверняка не связана с тем смыслом, который первым приходит в голову современному носителю языка. Её основа — прозвище Насильник, которое историки и ономасты выводят из украинской формы более древнего прозвища Насельник. В украинском языке буква «и» часто соответствует русской «е», поэтому пугающее сегодня «насилие» здесь ни при чём: исходное слово — «насельник», то есть житель, обитатель, тот, кто поселился.

Слово «насельник» родственно глаголу «населять» и нарицательным «село» и «селянин». В церковной традиции насельником называют монаха того или иного монастыря, но в миру так могли сказать про любого жителя или обитателя местности. Буквально это «тот, кто поселился».

Прозвище Насельник, а вслед за ним и его украинский вариант Насильник, вероятнее всего, получал пришлый человек, прибывший в селение из другой местности. Такого чужака и называли «поселенцем», «насельником», закрепляя за ним это слово как наиболее употребительное именование. Со временем прозвище перешло в разряд фамильных прозваний, и потомки человека по прозвищу Насильник стали писаться Насильниковыми.

Суффикс «-ов» в фамилии указывает на типичную русскую модель образования от отчества или прозвища отца: Насильников — сын Насильника. Женская форма Насильникова, соответственно, закрепилась за женой или дочерью носителя такой фамилии. Эта модель была самой распространённой в России, поэтому фамилия органично вписалась в общий массив русских родовых имён.

Стоит отметить, что фамилия редкая, и в дореволюционных документах она встречается нечасто. Возможно, это связано с тем, что прозвище бытовало в основном в южнорусских и украинских говорах, где форма с «и» была естественной. Позже, при переселении в северные и центральные губернии, носители фамилии могли менять её написание, возвращая исходную «е» — отсюда возможные варианты Насельников или Насельникова.

Таким образом, фамилия Насильникова хранит память не о преступлении, а о переселении и обустройстве на новом месте. Предок носителей этой фамилии был, скорее всего, нездешним человеком, который пришёл и осел в чужой деревне, и память об этом событии закрепилась в его прозвище, а затем и в фамилии потомков.