Фамилия Натин — редкий случай, когда можно с равной вероятностью спорить о двух совершенно разных корнях, и оба будут по-своему правдоподобны. Чтобы понять, откуда она взялась, нужно смотреть не только на основу, но и на суффикс, который сразу выдаёт географию.

Суффикс -ин в русских фамилиях традиционно указывает на принадлежность: «чей?» — Натин, то есть сын или потомок человека по имени или прозвищу Ната. В этом случае основа — краткая форма крестильного имени Анатолий (от греческого «анатоле» — восток, восход). Такие усечения (Ната, Натя) в быту давали мальчикам, а фамилия на -ин закрепилась за их детьми. Это версия для центральной России, где фамилии на -ов/-ев и -ин составляют большинство.

Однако есть и вторая, не менее сильная версия, которая уводит на юг, в среду тюркских народов. В татарском, башкирском и казахском языках слово «нат» или «натлы» означает «ладный», «стройный», «изящный», а также «породистый» (о животном). Фамилия Натин могла возникнуть как русифицированная форма тюркского прозвища Нат (человек статный или хозяин хорошего скота) с добавлением того же русского суффикса -ин. Такое смешение типично для Поволжья, Приуралья и южнорусских степей, где русские фамилии нередко «переодевали» тюркские прозвища.

С точки зрения словообразования фамилия проста: корень нат- и суффикс -ин. Ударение, скорее всего, падает на первый слог — На́тин, хотя в тюркском варианте возможен и второй вариант Нати́н (с ударением на окончание, как в заимствованных фамилиях). Сравните с однокоренными: Натов, Натаев, Наткин — все они встречаются редко, что подтверждает нетипичность исходного имени или прозвища.

Если ваши предки были из Тульской, Рязанской или Владимирской губерний — скорее всего, фамилия пошла от Анатолия. Если же корни ведут в Оренбуржье, Башкирию или Татарстан — перед вами тюркское наследие, адаптированное русским языком. Точнее скажут только архивные записи конкретной семьи, но уже сейчас ясно: носитель фамилии Натин — потомок либо «восточного» человека, которого прозвали за стать, либо того самого Нати, которого дома звали уменьшительно от Анатолия.