Фамилия Натко — редкая и неочевидная с точки зрения происхождения. Чтобы понять её корни, нужно смотреть не на славянские модели, а на южноевропейские, в первую очередь — на балканские и итальянские.

Самая правдоподобная версия связывает фамилию Натко с уменьшительной формой личного имени. В сербском, хорватском, словенском и других южнославянских языках распространены имена Натко, Ната, Надежда. Натко — это краткая, ласкательная форма от Наталие (Наталья) или Натан. Суффикс -ко в этих языках — типичный уменьшительный (сравните: Бранко, Драганко, Златко). Таким образом, фамилия Натко могла означать «сын Натко» или просто «маленький Нат», то есть чей-то потомок или человек, получивший прозвище по имени отца.

Вторая, менее распространённая, но тоже возможная версия — итальянское происхождение. В итальянском языке есть фамилия Nato (Нато), что значит «рождённый». Форма Натко могла возникнуть как русифицированная или украинизированная запись итальянской фамилии, особенно в регионах, где исторически жили итальянские переселенцы (например, в Одессе или Крыму). Однако эта гипотеза слабее, так как суффикс -ко для итальянских фамилий нетипичен.

Географически фамилия Натко встречается на Балканах (Сербия, Хорватия, Босния) и в России, куда она могла попасть с переселенцами из этих регионов. В русском контексте фамилия не склоняется по падежам как типичная славянская на -ов/-ев, а остаётся неизменной, что тоже указывает на её инославянское происхождение. Сословная принадлежность предков-носителей фамилии была, скорее всего, крестьянской или мещанской — фамилии на -ко в южнославянской среде не были дворянскими привилегиями.

Таким образом, фамилия Натко — это, вероятнее всего, балканское «отчество» от уменьшительного имени, закрепившееся в русском языке как неизменяемая фамилия.