Фамилия Натуков — редкая, и её корни стоит искать не в словарях распространённых фамилий, а в диалектах и малых говорах. Скорее всего, она образована от прозвища Натук. Суффикс -ов указывает на типичную русскую патронимическую модель: «чей?» — Натуков, то есть сын или потомок человека по прозвищу Натук.

Что могло означать слово «натук»? Самая прямая версия — от глагола «ту́кать» (стучать, издавать глухой звук) с приставкой «на-». В русских говорах «натукать» значит «настучать», «наколотить», а также «научить, наставить, надолбить» (отсюда же «натуканный» — обученный, бывалый). Прозвище Натук могли дать человеку настырному, упрямому, который «натукал» своё — добивался своего стуком или настойчивостью. Либо, наоборот, мастеровому, который работал с молотком, долотом — плотнику, бондарю или кузнецу.

Есть и более редкая, но правдоподобная версия, связанная с южнорусскими говорами. В курско-орловских и донских диалектах «тук» — это сало, жир, а «натучный» — упитанный, тучный. В таком случае Натук — прозвище полного, сытого человека, и фамилия Натуков — «сын толстяка». Эта версия объясняет, почему фамилия не получила массового распространения: слово носило ярко выраженный местный, областной характер.

Встречаемость фамилии крайне низкая. Основной ареал — юг России (Краснодарский край, Ростовская область) и, по некоторым данным, Запорожье. Это косвенно подтверждает южнорусскую или украинскую диалектную основу. В дворянских родословных книгах фамилия не зафиксирована, что говорит о её крестьянском или казачьем происхождении.

Интересно, что фамилия Натуков — омофон к адыгской фамилии Натоко (Натхо), которая имеет совсем другую историю (от адыгского «нат» — «глаз»). Но русская фамилия Натуков с ударением на второй слог (Нату́ков) к кавказским корням отношения не имеет, хотя при миграциях и смешении населения в XIX веке эти два рода могли пересечься в одном регионе.