Фамилия Нефёдкова — яркий пример так называемой «полуотчества» на -ов, образованного от крестильного имени. Основа здесь — каноническое имя Мефодий (от греческого «методос» — «способ, метод»), которое в русской народной традиции потеряло начальный слог и превратилось в Нефёд. Это типичная для многих русских фамилий модель: имя → краткая форма → притяжательное прилагательное с суффиксом -ов (Нефёдов) → женский вариант Нефёдкова.

Интересно, что фамилия бытует преимущественно в двух крупных ареалах: на Русском Севере (Архангельская, Вологодская области) и в Поволжье (особенно в Нижегородской и Кировской областях). Такое распределение не случайно — именно в этих регионах в XVI–XVII веках была высока плотность старообрядческого населения, которое долго сохраняло архаичные формы имён. В синодальных списках имя Нефёд встречается часто, а вот его полная форма — Мефодий — в крестьянской среде почти не употреблялась.

Словообразовательный нюанс: суффикс -к- в основе (Нефёдк-ов) указывает на уменьшительно-ласкательную форму имени. То есть фамилия буквально означает «сын Нефёдки» — то есть не самого Мефодия, а его домашнего, обиходного варианта. Это сближает Нефёдкова с фамилиями вроде Федьков (от Федька), Мишков (от Мишка) и отличает от прямых патронимов вроде Мефодиев.

Социальный фон: подавляющее большинство носителей фамилии — потомки государственных крестьян и однодворцев. В дворянских родословных книгах Нефёдковы не встречаются, зато в переписных книгах XVII века по Шунгскому погосту (ныне Карелия) и по селениям Вятской губернии эта фамилия фиксируется уже в первой половине XVIII века. В некоторых говорах закрепилось произношение с ударением на последний слог — Нефедкова́, что выдает южнорусское или сибирское происхождение конкретной ветви.

В современном написании фамилия сохраняет букву «ё», хотя в документах советского периода нередко заменялась на «е» — отсюда возможные варианты Нефедкова. Однако этимологически верная форма — именно через «ё», потому что она прямо отражает народное произношение имени Нефёд.