Фамилия Некратова — женская форма фамилии Некратов, и её основа та же, что и у мужского варианта: прозвище Некратый или Некрат. В старину имя Некрас было распространённым охранительным именем: родители нарекали так ребёнка, чтобы «отвести» от него красоту и тем самым уберечь от сглаза или зависти. Считалось, что если назвать сына Некрасом, то он вырастет здоровым и, вопреки прозвищу, пригожим. Это типичная древнерусская традиция, когда имя-оберег давали с противоположным значением.

Модель образования фамилии простая: к основе Некрат (усечённая форма от Некрас) добавили суффикс -ов, типичный для русских фамилий, указывающий на принадлежность: «сын Некрата». В женском роде окончание меняется на -а. Суффикс -ов здесь закономерен, так как основа оканчивается на твёрдый согласный. Если бы прозвище звучало как Некраса, фамилия была бы Некрасин.

Интересно, что фамилия Некратов (и Некратова) встречается в основном в северных и центральных регионах России, особенно в бывших новгородских землях. Это косвенно указывает на древность прозвища: именно в Новгородской республике была сильна традиция мирских имён, нецерковных. В писцовых книгах XV–XVI веков упоминаются крестьяне и землевладельцы с таким прозвищем, что говорит о его бытовании в разных сословиях.

Есть и менее вероятная версия: связь с прилагательным «некратый», то есть «непокрытый», «открытый». В говорах так могли назвать человека без шапки или с непокрытой головой, или даже того, кто живёт в доме без крыши. Но эта гипотеза слабее: охранительное имя-оберег — более частый и понятный источник для русских фамилий, чем бытовая деталь одежды.

Таким образом, Некратова — фамилия с прозрачной этимологией, уходящая корнями в дохристианскую традицию имянаречения. Предки современных носителей, скорее всего, были крестьянами или посадскими людьми, носившими мирское имя Некрас или Некрат, и фамилия закрепилась за их потомками по отчеству.