Фамилия Нектарьев образована от церковного имени Нектарий, и это сразу говорит о её книжном, а не народном происхождении. Имя пришло на Русь вместе с христианством из Византии, а само греческое слово означает «нектарный» — в античной мифологии нектаром называли напиток олимпийских богов, дарующий бессмертие.

Покровителем имени считают преподобного Нектария Печерского, жившего в XII веке. Летописи сохранили его прозвище Послушливый: за беспрекословное послушание старшей братии и усердие в трудах он удостоился такого именования. Преподобный скончался в мире и был погребён в Ближних, Антониевых, пещерах Киево-Печерской лавры, где его мощи покоятся и сегодня. Память святого отмечают 29 ноября.

Морфологически фамилия проста: к основе Нектарь (так имя Нектарий звучало в бытовой речи) добавили типичный русский суффикс принадлежности -ев. Такой суффикс указывал на родство: Нектарьев — значит «сын Нектария», «из рода Нектария». Форма с -ев, а не -ов, появилась потому, что основа оканчивается на мягкий согласный.

Само имя Нектарий в святцах встречалось, но широкого распространения в крестьянской среде не получило — оно оставалось редким, преимущественно монашеским. Поэтому и фамилия Нектарьев встречается нечасто и, скорее всего, восходит к семье человека, носившего это имя, или к потомкам священнослужителя. В духовном сословии такие «именные» фамилии давали по имени отца или по имени святого, в честь которого был назван предок.

Интересно, что параллельно существовала и форма Нектариев — с сохранением полного книжного окончания имени. Вариант Нектарьев выглядит более народным, «обрусевшим»: он сокращает имя до удобного в произношении вида, как это часто делали с греческими именами на -ий (сравните: Арсений — Арсеньев, Евгений — Евгеньев). Таким образом, потомок человека по имени Нектарий со временем получил фамилию Нектарьев, которая и закрепилась за его родом.