Фамилия Нектаров — редкий случай, когда прозвище или имя взято из церковной, а точнее, античной традиции, но переосмыслено на русской почве. Основа — греческое слово «нектар» (напиток богов), ставшее в христианстве мужским именем Нектарий. В святцах оно есть, хоть и нечасто встречалось в крестьянской среде. Поэтому первая и самая вероятная версия: фамилия образована от крестильного имени Нектарий через его обиходную форму Нектар. Суффикс -ов указывает на принадлежность: «сын Нектара» или «из семьи Нектара».

Модель образования типична для русских фамилий второй половины XVII–XIX века, но сама основа выделяется на фоне более привычных Ивановых или Петровых. Имя Нектарий носили несколько раннехристианских святых, в том числе мученик Нектарий Египетский и святитель Нектарий Константинопольский. Однако в народе имя могли давать и без прямой отсылки к святому — просто как редкое, звучное, «книжное». В некоторых говорах «нектаром» в шутку называли сладкое вино или медовуху, так что не исключено, что прозвище Нектар мог получить любитель сладкого напитка или торговец медом.

Географически фамилия тяготеет к южнорусским областям и Поволжью, где имя Нектарий встречалось среди духовенства и монашества. Возможно, предок носителя фамилии был выходцем из церковной среды: священник или дьячок мог дать сыну имя в честь святого, а уже дети и внуки закрепили его как фамилию. В дворянских родословных книгах Нектаровы не числятся — это фамилия крестьянская или мещанская, что подтверждается ее разбросом по переписным книгам XIX века.

С точки зрения словообразования интересно, что фамилия не получила суффикса -ий (Нектариев), а сразу перешла в просторечную форму на -ов. Это говорит о том, что имя бытовало в народе как полное, без уменьшительных вариантов. Ударение в фамилии падает на второй слог: Некта́ров.