Фамилия Немчунов — редкий пример, где прозвище, лёгшее в основу, не столько называло национальность, сколько указывало на чужеродность, непохожесть. Корень «немч-» восходит к древнерусскому «немчинъ» — так называли любого иностранца, прежде всего из Западной Европы, который говорил непонятно, «немо». Но закрепилось это слово в первую очередь за выходцами из немецких земель. Фамилия образована по стандартной патронимической модели: суффикс -ов означает «сын Немчуна» или «потомок человека по прозвищу Немчун».

Суффикс -ун в основе (Немч-ун) придаёт прозвищу оттенок характерности: Немчун — это не просто «немец», а человек, который чем-то напоминает немца: возможно, носил одежду на иноземный манер, брил бороду, говорил с акцентом или держался особняком. В русских говорах -ун часто образовывал прозвища по внешнему признаку или поведению (Молчун, Говорун, Болтун), так что Немчун могло быть ироничным или даже насмешливым именем.

Географически фамилия тяготеет к южнорусским и западнорусским регионам, где контакты с иноземцами были активнее — например, в Малороссии, на Слобожанщине или в пограничных с Речью Посполитой землях. Там «немцами» нередко называли всех католиков и протестантов, включая поляков и литовцев. Поэтому предок Немчуновых мог быть вовсе не этническим немцем, а, скажем, обрусевшим пленным или переселенцем из Ливонии, которого окрестили по языковому признаку.

Встречается и вариант Немчинов — от более прямого «немчин». Немчунов же звучит диалектнее, сниженнее: уменьшительно-пренебрежительный оттенок суффикса -ун намекает, что прозвище дали не в официальной среде, а в крестьянской или посадской среде, где меткое словцо ценилось выше родословной. Сословно фамилия недворянская: в старых списках служилых людей она не фиксируется, а встречается в переписях однодворцев и государственных крестьян южных уездов.

Ономастические словари (например, работа Б. Унбегауна) относят подобные фамилии к группе «этнических прозвищ», но подчёркивают, что их носители в подавляющем большинстве были русскими. Так что Немчунов — это не указание на кровь, а история о том, как в деревне выделили одного «не нашего» и прозвание закрепилось за родом на века.