Фамилия Непряхина образована от прозвища Непряха. В основе лежит нарицательное слово: первоначально «непряха» означало женщину, не умеющую прясть, а позже стало обозначать неумелого или ленивого человека вообще. Прозвище закрепилось за человеком, который не владел ремеслом или избегал работы, и передалось потомкам в форме отчества: сын Непряхи становился Непряхиным, а его дочь — Непряхиной.

Корни прозвища уходят в глубь веков. В «Ономастиконе» С.Б. Веселовского есть запись: Непряха Терех, крестьянин, 1526 год, Новгород. Это одно из ранних документальных свидетельств, которое показывает, что прозвище бытовало в крестьянской среде уже в первой половине XVI века. Новгородская привязка не случайна: в этих землях было развито льноводство и прядение, поэтому умение прясть имело практическое значение, а его отсутствие — заметный недостаток.

Словообразовательная модель фамилии проста и прозрачна. Суффикс -ин указывает на принадлежность: Непряхина — «дочь (или жена) Непряхи». Такая модель типична для фамилий, образованных от прозвищ с окончанием на -а, и широко распространена в северорусских и новгородских говорах. Мужской вариант — Непряхин, женский — Непряхина.

Ударение в фамилии чаще всего падает на второй слог: Непря́хина. В некоторых говорах встречается вариант с ударением на первый слог, но он менее распространён.

Прозвище Непряха не стоит путать с топонимом Непрядва — рекой, на которой произошла Куликовская битва. Созвучие случайно, корни у этих слов разные: «непряха» связано с глаголом «прясть», а название реки имеет более древнее, предположительно балтское происхождение.

Среди носителей фамилии нет общеизвестных исторических деятелей, которые могли бы пролить свет на её происхождение. Это типичная крестьянская фамилия, возникшая из бытового прозвища и сохранившая память о том, что предок её носительницы был человеком, не ладившим с прялкой.