Фамилия Непряжина — женская форма фамилии Непряжин. Её основа, «непряжа», — редкое слово, которое в русских говорах могло означать «лентяйка, нерадивая пряха» или же «непряденое волокно», то есть сырьё, ещё не прошедшее обработку. В любом случае, прозвище Непряжа давали человеку, который либо не любил прясть (или плохо это делал), либо, что тоже вероятно, занимался сбытом непряденого сырья — льна или шерсти.

Суффикс -ин- указывает на принадлежность: Непряжин — сын Непряжи. Такая модель образования — от прозвища на -а без дополнительных суффиксов — типична для северо-восточных земель Руси (Вологодчина, Архангельский край, Поволжье). Там же, где было развито льноводство и домашнее прядение, подобные прозвища возникали особенно часто. В южных и западных регионах фамилия встречается реже, практически не зафиксирована у дворянства.

Интересно, что фамилия не имеет отношения к городу Непряха (в Тульской области) или реке Непрядве — это случайное звуковое совпадение. В ономастических словарях (например, у Б. Унбегауна) фамилии на -ин от прозвищ с корнем «пряж-/пряд-» разбираются именно через ремесленный быт: Пряха, Прядкин, Непряхин. И Непряжина стоит в том же ряду, но с более редкой огласовкой — через «ж» вместо «х», что встречается в некоторых северных говорах.

Носительница фамилии может считать, что её предки были либо крестьянами, занимавшимися обработкой льна, либо людьми, получившими ироничное прозвище за нерадивость в женском рукоделии. Других версий — от имени Непря (гипотетического) или от географического названия — лингвисты не подтверждают из-за отсутствия документальных следов.