Фамилия Нигмедзянов напрямую рассказывает об имени предка: её основа — татарское мужское имя Нигмедзян, которое бытует как местный вариант более распространённого имени Нигматджан. Словообразовательная модель проста и типична для тюркских фамилий: к полной форме имени добавили русский патронимический суффикс -ов, и получилось «сын Нигмедзяна». Такой способ закрепился в татарской среде после XVI–XVII веков, когда русская административная традиция потребовала фиксировать семьи по отцу.

Разбор имени даёт ключ к его смыслу. Первая часть, Нигмат, восходит к арабскому корню со значениями «счастье, обилие, богатство», «подарок», а также «удовольствие, наслаждение» и даже «милосердие, сочувствие». Вторая часть, Джан, в персидско-тюркском мире значит «душа, дух» и часто добавлялась к именам как ласковое обращение, подчёркивающее близость: «дорогой, как душа». Соединившись, части дают цельное пожелание: «счастливая душа» или «милосердная душа».

Родители, называя сына Нигмедзян, вкладывали в имя надежду на его судьбу: чтобы он вырос добрым, щедрым и жил в достатке. Поскольку имена с компонентом джан были широко распространены у татар, поволжских башкир и в некоторых других тюркских народах, фамилия Нигмедзянов встречается в основном в Татарстане, Башкортостане и среди татарских диаспор в других регионах России. Встречаются варианты написания Нигмадзянов и Нигметзянов — они отражают разное произношение гласных в диалектах, но родство этих фамилий очевидно.

Стоит отметить, что в отличие от многих русских фамилий, которые произошли от мирских прозвищ или профессий, Нигмедзянов — чисто патронимическая фамилия, образованная от личного имени. Поэтому точную дату её появления назвать сложно: она возникает там и тогда, где и когда человек по имени Нигмедзян получает потомство, которое начинают записывать по отцу. В документах XIX века такие фамилии уже фиксируются у крещёных и некрещёных татар, но массовое закрепление произошло, как и у большинства народов Поволжья, после переписей и паспортизации в советское время.