Фамилия Никалай — редкий случай, когда в основе лежит не прозвище или профессия, а личное имя, но в необычной, усечённой форме. Речь о крестильном имени Николай, которое в народной речи часто звучало как Микола, Микалай, а в некоторых говорах — Никалай. Фамилия, по сути, застывшая диалектная или просторечная версия имени, которую дали человеку в качестве прозвища, а затем закрепили за потомками.

Словообразовательная модель здесь простая, но показательная. Фамилия оформлена нулевым суффиксом: имя Никалай само стало фамилией без окончания -ов или -ин. Это характерно для украинской, белорусской и южнорусской традиции, где фамилии на -ай (Таращай, Коваль, Грицай) встречаются чаще, чем в северных регионах. Если бы предок жил в центральной России, фамилия скорее превратилась бы в Никалаев или Никалайкин.

Географически фамилия тяготеет к западным и южным областям бывшей Российской империи. Встречается у потомков крестьян и казаков, где имя Николай в бытовом общении сокращали до Никалая. Поскольку фамилия не прошла через официальную унификацию с суффиксом, она сохранила живую народную форму, что делает её ценным свидетельством местного говора. В современных базах данных Никалай — фамилия малочисленная, что говорит о её локальном происхождении: возможно, от одного родоначальника в конкретном селе.

Есть и альтернативная версия, но менее правдоподобная: что Никалай — это искажённое тюркское имя или прозвище, например, от ник (нет) и алай (так). Однако фонетика и семантика такого сближения натянуты, а массовое бытование имени Николай в славянской среде делает «народную» версию основной. Так что обладатель фамилии Никалай с высокой вероятностью ведёт род от человека, которого в обиходе звали просто Никалай — без отчества и приставок.