Фамилия Никишечкин образована от имени собственного и относится к распространенному типу русских фамилий. Основой фамилии Никишечкин послужило церковное имя Никита. Имя Никишечка является производной формой крестильного мужского имени Никита. Оно имеет греческое происхождение и в переводе на русский язык означает «победитель». Таким образом, потомок человека, обладающего именем Никишечка, со временем получил фамилию Никишечкин.

В этой фамилии нас прежде всего интересует редкий уменьшительный суффикс -ечк-, который в русских фамилиях встречается нечасто. Обычно от имён на -а и -я образовывали формы с суффиксами -ич, -ыч, -ин, -ов: Никитин, Никитов, Никишин. Форма Никишечка — это ласкательный вариант, который бытовал в семейном и дружеском обиходе. Такие «домашние» имена нередко закреплялись за человеком настолько прочно, что переходили в официальные документы, а затем и в фамилию его детей.

Словообразовательная цепочка здесь выглядит так: Никита → Никиша (краткая форма) → Никишечка (уменьшительно-ласкательная) → Никишечкин (сын Никишечки). Фамилия отвечает на вопрос «чей?» и указывает на прямого потомка. По модели образования она близка к фамилиям вроде Ванечкин, Манечкин, Колечкин, но если те встречаются относительно часто, то Никишечкин — случай более редкий и локальный.

О точном месте и времени возникновения фамилии Никишечкин в настоящее время говорить сложно, поскольку процесс формирования фамилий был достаточно длительным. Однако можно предположить, что она закрепилась в среде, где были распространены уменьшительные формы имён с двойной ласкательной основой. Такие фамилии чаще встречаются в северных и центральных русских говорах, где любили «утеплять» имена дополнительными суффиксами.

Имя Никита, лёгшее в основу, было одним из самых популярных на Руси. Его носили многие святые, в том числе Никита Готский и Никита Столпник, поэтому и производных форм от него возникло множество: Никитин, Никитский, Никишов, Никешин, Никулин. Фамилия Никишечкин стоит в этом ряду особняком именно благодаря своему нестандартному суффиксу, который делает её более «домашней» и тёплой по звучанию.

Тем не менее, фамилия Никишечкин представляет собой замечательный памятник славянской письменности и культуры. В ней сохранилась та ступень народной словообразовательной игры, которая обычно остаётся за пределами письменных источников. Сегодня носители фамилии могут встретить её в основном в восточных областях России, но точной статистики по распространению нет, и это нормально для фамилии такого типа.