Фамилия Никижев — редкий случай, когда модель образования очевидна, а вот исходное слово приходится восстанавливать по косвенным данным. Формант -ев указывает на притяжательное значение «чей?» — «сын Никижа». Но что скрывается за основой Никиж-?

Самая вероятная версия: основа восходит к имени Никита. В русских говорах это имя давало множество производных форм: Никиша, Никеша, Микиша. Форма Никиж могла возникнуть в результате диалектного смягчения или аканья (Никиж < Никеж < Никеша). Подтверждение находим в ономастиконе С. Б. Веселовского, где зафиксированы фамилии Никишев и Никешев. Никижев — ещё один патроним того же гнезда, только с менее распространённым суффиксом прозвища -ж- (как в фамилиях Дорожев, Бурожев).

Менее вероятна связь с географическим названием. В польском и белорусском языках есть корень *nik- со значением «низкий, малорослый», но для фамилии Никижев это натяжка — ареал фамилии преимущественно русский, а не западнославянский. Встречается она в центральных и северных областях России, особенно в Вологодской и Костромской губерниях, где имя Никита было чрезвычайно популярно.

Таким образом, предок носителя фамилии Никижев — человек по прозвищу или уменьшительному имени Никиж, скорее всего сын или потомок некоего Никиты. Фамилия не дворянская, а крестьянская или посадская, возникла не позднее XVII века, когда патронимы на -ев/-ов окончательно закрепились как наследственные.