Фамилия Никли — редкий случай, когда написание застыло в форме, нехарактерной для русской ономастики. В русском языке фамилии на -ий, -ой, -ов, -ин встречаются постоянно, а вот конечное -и без наращения — признак либо искусственного позднего оформления, либо иноязычного происхождения. Скорее всего, перед нами вариант фамилии, образованной от прозвища или имени с помощью суффикса -л(я), который в русских фамилиях даёт основу на -ль: например, Нехлюй → Нехлюев, а здесь — Никла → Никлин. Но фамилия закрепилась в усечённой форме Никли, что бывает, если носитель или переписчик отбросил окончание, посчитав его лишним, или если фамилию записывали в польской или украинской традиции, где -и часто сохраняется без притяжательного суффикса.

Основа «Никл-» может восходить к нескольким корням. Самое прямое — от имени Николай через его сокращённые формы Никля, Никла. В русских говорах и просторечии XIX века такие усечения были обычны: Никля, Микля, Коля. Второй вариант — от прозвища Никла, связанного с глаголом «никнуть» (опускаться, унывать, наклоняться). Прозвище мог получить человек сутулый, печальный или покладистый. Третья версия — заимствование из немецкого или скандинавского: фамилия Nickli или Nickl встречается в немецкоязычных регионах как уменьшительное от имени Nikolaus. В этом случае русская фамилия Никли могла возникнуть у обрусевших немцев или через контакты в Прибалтике.

Географически фамилия Никли — редкость. В дореволюционных источниках она почти не встречается; единичные записи есть по западным губерниям (Витебская, Могилёвская) и среди переселенцев в Сибири. В советское время фамилия могла закрепиться при паспортизации, когда носители выбирали краткую форму, чтобы избежать путаницы с более частыми Никитиными или Николаевыми.

Социальный контекст: носители фамилии Никли вряд ли принадлежали к дворянству или купечеству — слишком нестандартное окончание для российских родословных книг. Скорее, это крестьянская или мещанская фамилия, возникшая в среде, где фамилии давали по прозвищу или по имени отца, а при записи в ревизские сказки писарь упрощал форму.