Фамилия Никля — редкая и нестандартная для русской ономастики. В ней нет привычных фамильных суффиксов -ов, -ин или -ский, что сразу наводит на мысль: перед нами не исконно русская фамилия, а скорее всего, результат адаптации иноязычного прозвища или имени. Скорее всего, она сохранила исходную форму без изменений, что часто случалось с фамилиями польского, украинского или белорусского происхождения, которые «окаменели» при переезде носителя в великорусскую среду.

Наиболее правдоподобная версия возводит основу к польскому или западноукраинскому слову «nikły» — «хилый, слабый, тщедушный, бледный». В таком случае прозвище Никля давали человеку невысокого роста, худощавого телосложения или болезненного вида. В говорах западных областей это слово могло также означать «незаметный» или «незначительный». Фамилия образована напрямую от прозвища без добавления суффикса принадлежности — по такому же принципу сложились, например, фамилии Скряга, Худоба или Недоля.

Менее вероятна, но возможна связь с личным именем. В католических святцах есть имя Никля (Nicolas), но это скорее французская или немецкая огласовка, которая вряд ли закрепилась бы в крестьянской среде Восточной Европы. Если же отталкиваться от православной традиции, то имя Николай в уменьшительной форме могло дать Никля, но обычно такие сокращения давали суффиксальные варианты (Никулин, Никольский), а не усечённую основу.

Географически фамилия Никля встречается в основном на территории Беларуси, в западных областях Украины и среди потомков переселенцев из этих регионов в Сибири. В России она крайне редка, что подтверждает её локальный западнославянский корень. Сословно носители фамилии, скорее всего, были крестьянами или мещанами — дворянские роды с таким окончанием в истории не фиксируются.