Фамилия Николишена — это редкий пример так называемой «материнской» фамилии, образованной от женского имени. В русской традиции такие фамилии на «-ена» встречаются гораздо реже, чем привычные патронимы на «-ов» или «-ин». Основа здесь — женское имя Николишена, которое, в свою очередь, является производной формой от канонического имени Николина (женский вариант от Николай). То есть фамилия напрямую говорит о том, что предок по женской линии носил имя Николина или Николишена.

Словообразовательная модель проста: к основе женского имени (Николиш-) добавили суффикс «-ен», а затем окончание «-а». В русском языке фамилии на «-ена» (типа Фомина, Катина, Машина) обычно указывали на принадлежность женщине: «чей?» — «Николишенин» (сын или дочь Николишены). Со временем форма застыла в именительном падеже единственного числа женского рода, что для фамилий нехарактерно: обычно склоняемые фамилии (как Николишена) сохраняют память о том, что первоначально это было притяжательное прилагательное.

Географически фамилия тяготеет к южнорусским и украинским говорам, где были распространены уменьшительные формы с суффиксом «-ен-»: Николишена, а не Николишина. В документах XVII–XVIII веков встречаются записи вроде «вдова Николишена» или «дочь Николишена», что закрепляло имя как прозвище для целой семьи. Позже, когда фамилии стали наследственными, прозвище перешло в статус официальной фамилии, не изменив формы.

Редкость фамилии объясняется тем, что она фиксирует не отчество, а матроним — то есть указывает на мать или бабушку. В крестьянской среде такие случаи возникали, если женщина была главой семьи (например, после смерти мужа) или если её имя было более значимым в локальной общине. Николишена — не просто «дочь Николая», а «та, что от Николишены», что подчёркивает женскую линию наследования прозвища.

В современных базах данных фамилия встречается единично, в основном на территории бывшей Черниговской губернии и в смежных областях России. Варианты написания (через «а» или «я» на конце — Николишеня) могут указывать на белорусское или украинское влияние. При этом корень «Никол-» однозначно отсылает к популярному имени, а суффикс «-ен-» выдаёт именно женскую форму, что делает фамилию не только редкой, но и показательной для изучения народной ономастики.