Фамилия Николишен — редкий пример «семейной» фамилии, образованной не по стандартной модели русского дворянства или крестьянства, а по западнославянской или балканской традиции. В её основе лежит имя Николай (в просторечии Никола) — одно из самых популярных крестильных имён на Руси, означающее «победитель народов». Однако суффикс -ишен указывает на иную словообразовательную механику, чем привычные -ов, -ин или -ский.

Ключевая особенность — суффикс -ишен. В русском языке он нетипичен. Чаще всего такие окончания встречаются у фамилий украинского, польского или белорусского происхождения, где -ишен (или -ишин) является формой притяжательного прилагательного: «чей?» — Николишен, то есть «сын Николы». В украинской ономастике суффикс -ишин (с чередованием ш/с) даёт фамилии вроде Николишин, а в польском языке форма могла звучать как Nikoliszyn. Таким образом, Николишен — это вариация на тему «Николишин», где конечное -ен, вероятно, возникло под влиянием местных говоров или при адаптации в русской среде.

Географически фамилия тяготеет к юго-западным регионам бывшей Российской империи — современным Украине, Беларуси, а также к пограничным русским областям (Брянщина, Смоленщина). Встречается она редко, что подтверждает её локальный и, скорее всего, поздний характер (XVII–XIX века). Предки носителя фамилии были, скорее всего, крестьянами или мещанами, получившими фамилию по имени отца (Никола) с помощью суффикса, указывающего на родство. В отличие от фамилий на -ов, которые зачастую закреплялись за целым родом, форма на -ишен могла означать принадлежность к конкретному двору или семье: «Николишен» — тот, кто из семьи Николи.

Спорных версий здесь немного. Можно предположить искусственное происхождение — например, через семинарию, где фамилии давали по латинскому Nicolaus с добавлением суффикса -ен. Но это маловероятно: для духовенства типичнее формы вроде Никольский или Николаевский. Поэтому наиболее правдоподобно бытовое, народное происхождение: от прозвища или отчества Николиш (сравните: Иваниш, Петриш) с последующим прибавлением -ен, что дало Николишен — «сын Николиша», где Николиш — уменьшительная форма от Никола.

Таким образом, фамилия Николишен — не про дворянские корни или известных исторических деятелей, а про простую семейную историю: предок носил имя Никола, а его дети стали зваться «Николишены», то есть «Николины». В современном русском языке она остаётся редкой и узнаваемой именно благодаря нестандартному суффиксу, который сразу выдает нерусскую — точнее, западнорусскую или украинскую — основу.