Фамилия Никонишин образована от имени Никониша — это не самостоятельное крестильное имя, а скорее народная, бытовая форма от канонического имени Никон. В русской традиции имена на -иша (Вониша, Миниша, Саввиша) часто давали в домашнем, неофициальном обиходе, особенно в северных и центральных губерниях. Суффикс -ин в конце фамилии указывает на принадлежность: «чей?» — Никонишин, то есть сын или потомок Никониши.

Само имя Никон восходит к греческому Νίκων (Nikon) — «победитель». В православных святцах оно известно благодаря патриарху Никону, но в народе имя было распространено и среди крестьян, и среди духовенства. Форма Никониша, с характерным уменьшительно-ласкательным суффиксом, говорит о том, что предок носителя фамилии был человеком простого звания: в документах XVII–XVIII веков такие «полуимена» встречаются у крепостных, посадских и однодворцев.

Фамилия Никонишин довольно редкая. По переписям XIX века она фиксируется в основном на территории бывшего Владимирского и Костромского наместничеств, а также в южных уездах Вятской губернии. Это позволяет предположить, что фамилия сложилась в среде земледельцев или ремесленников, а не дворянства: суффикс -ин в сочетании с народной формой имени — типичный признак крестьянской ономастики.

Интересная деталь: в отличие от более частых фамилий Никонов, Никошин или Никоненко, вариант Никонишин сохранил именно ту форму, которая в бытовой речи почти исчезла. Если Никонов — это прямой патроним от полного имени, то Никонишин — от прозвищного, обиходного варианта. Такие фамилии ценны для историков языка: они запечатлели живую разговорную традицию, не попавшую в официальные святцы.