Фамилия Никонишина — редкий случай, когда женская форма закрепилась в документах как основная, но разбирать её логичнее с мужского варианта Никонишин. В основе фамилии лежит не каноническое имя Никон (от греч. «побеждающий»), а его разговорная, простонародная форма Никониша. Суффикс -иш- в данном случае не уменьшительно-ласкательный, а скорее пренебрежительный или фамильярный: так в деревнях могли называть человека невысокого роста, тщедушного или, наоборот, с иронией — большого и неуклюжего. В русских говорах суффикс -иш- часто придавал имени оттенок «этот самый, известный всем Никон», без особого уважения, но и без злобы.

Словообразовательная модель проста: от прозвища Никониша через притяжательное прилагательное (чей? — Никонишин сын) к фамилии. Суффикс -ин указывает на принадлежность к роду конкретного человека, что типично для русских фамилий, образованных от имён и прозвищ на -а/-я. В отличие от фамилий на -ов/-ев, которые чаще встречаются в центральных и южных областях, фамилии на -ин характерны для северных и северо-восточных земель России, а также для Поволжья. Встречаемость Никонишиных в современных архивах невелика, что говорит о локальном происхождении — скорее всего, из одной или нескольких соседних деревень.

Интересно, что фамилия могла возникнуть и от женского имени Никониша — так в быту иногда называли Никону, жену Никона. В этом случае фамилия передавалась по материнской линии, что случалось реже, но в крестьянской среде не было исключением, особенно если женщина рано овдовела и вела хозяйство. Однако более правдоподобна версия с мужским прозвищем: в ономастике зафиксированы параллельные формы — Никоша, Никуша, Никонка, а Никониша стоит в том же ряду, просто с более редким суффиксом.

Сословно носители фамилии Никонишины, скорее всего, были государственными или помещичьими крестьянами. Дворянских родов с такой фамилией не зафиксировано. В дореволюционных метрических книгах фамилия встречается в основном в Вятской и Костромской губерниях, что подтверждает северный след. После революции, в ходе паспортизации 1930-х годов, женская форма могла закрепиться за женщиной, не имевшей мужа, или за вдовой, и передаться детям уже в неизменном виде — так Никонишина стала родовой, а не только брачной.