Фамилия Никупов — редкая и неочевидная. В ней нет привычного корня, который сразу подсказал бы профессию или личное качество предка. Чтобы понять её происхождение, нужно разобрать словообразовательную модель и учесть, что фамилия могла возникнуть в разное время и в разных социальных слоях.

Скорее всего, в основе фамилии лежит прозвище или неканоническое имя Никуп. Это краткая форма от имени Никита (в народном произношении — Микита, Никитка) или от Никифор (Никишка, Никуша). Суффикс -ов указывает на принадлежность: Никупов буквально означает «сын Никупа» или «из рода Никуповых». В русской ономастике такая модель типична для крестьянских и мещанских фамилий XVI–XVIII веков, когда отчество в форме притяжательного прилагательного закреплялось за потомками.

Но есть и другая, менее распространённая версия. В южнорусских и украинских говорах слово «никупа» могло означать «неуклюжий, неловкий человек» (от «купать» — в смысле «окунаться, возиться»). В таком случае прозвище Никуп дали человеку с соответствующей манерой поведения или работы. Эта гипотеза слабее: соответствующий диалектный корень не зафиксирован в авторитетных словарях как основа для личных имён, но полностью исключать её нельзя — народная этимология порой создаёт неожиданные формы.

Географически фамилия Никупов встречается редко. По данным современных телефонных справочников и баз переписи, основные носители живут в центральных областях России (Тверская, Ярославская, Московская области) и на Урале. В документах XVIII–XIX веков фамилия почти не фиксируется — это говорит о том, что она либо возникла поздно (в XIX веке у однодворцев или государственных крестьян), либо была сильно искажена при записи. Например, в переписных книгах её могли записать как Никулов, Никулин или Никупов — с заменой окончания под влиянием местного говора.

Примечательно, что в фамилии Никупов нет суффикса -ин, который обычно образует фамилии от имён на -а/-я (Никита → Никитин). Форма на -ов здесь — признак того, что основа воспринималась как мужское имя или прозвище с твёрдым согласным на конце: Никуп. Это редкий случай, когда отчество от имени на -а переоформили по более распространённой модели. Если бы фамилия возникла в XVI веке, она почти наверняка была бы Никупин. Значит, её закрепили позже, когда стандарт фамилий уже сместился в сторону -ов.

В итоге: Никупов — относительно поздняя фамилия, образованная от народной формы имени Никита или Никифор. Предки носителей были, скорее всего, крестьянами или мещанами из центральной России, а сама фамилия — результат упрощения и подгонки под общую модель.