Фамилия Низенковский — один из тех случаев, когда географический суффикс вступает в противоречие с очевидностью корня. На первый взгляд кажется, что перед нами фамилия от названия населённого пункта вроде Низенково или Низенковка, но при ближайшем рассмотрении всё упирается в прилагательное «низкий» и его производные.

Словообразовательная модель прозрачна: основа «низ-» (от «низкий»), суффикс принадлежности -енк- (уменьшительный или указывающий на отношение), а затем типичный для шляхетских и польско-украинских фамилий суффикс -овск-/-евск-, который позже перешёл в русскую традицию. Получается, что Низенковский — это человек, который происходит от Низенко или Низенка. А Низенко — это уже прозвище или фамилия человека невысокого роста, возможно, жившего в низине, или даже крестьянина, обрабатывавшего низкие, сырые земли. Формант -енко характерен для украинской и белорусской антропонимии, а -ский — для польской и южнорусской. Соединение двух разных суффиксов в одной фамилии указывает на то, что предок носителя сначала звался Низенко, а потом, при переходе в другую социальную среду или при переселении, фамилию переоформили по более престижной модели — на -ский, как у дворян и духовенства.

Версия о происхождении от топонима имеет право на жизнь, но слабая. На современных картах нет крупных населённых пунктов Низенково или Низенковка, а мелкие хутора с таким названием, если и существовали, то почти наверняка получили имя от того же прозвища Низенко. То есть топоним вторичен по отношению к личному имени. Поэтому самая правдоподобная версия: фамилия образована от прозвища Низенко (невысокий человек) с последующим добавлением шляхетского суффикса.

Фамилия редкая, в реестрах Российской империи она не фиксируется как распространённая дворянская. Скорее всего, Низенковские — это потомки казаков или мещан юго-западных губерний (Киевская, Подольская, Волынская), которые при получении паспортов или при записи в ревизские сказки «подняли» свою фамилию до более благородного звучания. Социальный контекст здесь важнее этимологии: суффикс -ский в XIX веке давал носителю формальное преимущество перед однофамильцами без него, даже если корень оставался простонародным.