Фамилия Низенкова — женская форма, а мужская, Низенков, образована по продуктивной, но не самой частотной модели: суффикс -ов присоединён к основе, оканчивающейся на -енк-. Эта модель характерна для фамилий, возникших от прозвищ или имён с уменьшительным суффиксом -енк(о). В русской ономастике такие фамилии нередко указывают на украинское или южнорусское происхождение основы, где форма на -енко (Низенко) была широко распространена, а при русификации к ней добавили русский патронимический суффикс -ов.

Корень низ- в фамилии может отсылать к двум разным источникам. Первый и самый прямой — прозвище Низкий, которое давали человеку невысокого роста, либо тому, кто занимал невысокое социальное положение. В этом случае Низенко — это «маленький Низкий», то есть сын или потомок человека с таким прозвищем. Вторая версия связывает основу с диалектным словом «низ» — так в некоторых говорах называли низину, болотистое место или нижнюю часть села. Тогда прозвище Низенок мог получить житель «низа», низинной части поселения. Обе версии лингвистически правдоподобны, но первая — с прозвищем по росту — встречается в ономастических источниках чаще, поскольку прозвища по физическим признакам были одними из самых распространённых.

С точки зрения географии фамилия Низенков (и её женская форма) имеет отчётливую привязку к южнорусским и украинским территориям, где фамилии на -енко исторически преобладали. В дореволюционных метрических книгах и ревизских сказках носители этой фамилии фиксировались в Курской, Воронежской, Харьковской губерниях, а также в Области Войска Донского. Встречаемость фамилии в этих регионах подтверждает её народное, крестьянское происхождение: предки Низенковых, скорее всего, были государственными или помещичьими крестьянами, и фамилия закрепилась за ними после отмены крепостного права, когда потребовалось массово документировать население.

Интересная деталь: в написании фамилии иногда путают суффикс -енк- и -инк-. Форма Низенкова — единственно верная с точки зрения словообразования, поскольку суффикс -инк- в русских фамилиях встречается редко и в иных моделях (например, от имён на -иня). Ошибки на письме возникают из-за того, что на слух безударный гласный в суффиксе звучит неотчётливо, но историческая основа — именно -енк-.

Таким образом, фамилия Низенкова — это типичный пример «окаменевшего» прозвища, где за суффиксальным оформлением стоит живая разговорная речь прошлого: кто-то из предков был низкорослым или жил в низине, а его дети и внуки получили фамилию, которая уже не описывает внешность или место, а просто называет род.