Фамилия Низен — редкий случай, когда фамилия, звучащая на русский лад, с большой вероятностью имеет не славянское, а немецкое или еврейское происхождение. В русском языке слово «низен» не существует, а фамилии на -ен в исконно русской традиции почти не встречаются — это характерный признак фамилий немецкого (реже — еврейского ашкеназского) корня.

Скорее всего, фамилия образована от немецкой топонимической основы. В Германии есть несколько населённых пунктов с названием Низен (Niesen), а также река Низе (Niese). Фамилия Niesen или Niessen распространена в землях Северный Рейн-Вестфалия и Гессен. По модели образования это типичная немецкая фамилия на -en, указывающая на выходца из определённой местности: «тот, кто из Низена». В таком случае русское написание «Низен» — это транслитерация немецкой фамилии, зафиксированная в документах при переселении носителей в Российскую империю.

Другая версия — еврейское происхождение. В ашкеназской традиции фамилия могла возникнуть как вариант фамилии Низенбаум (Niesenbaum) или Низенгольц, где корень «низен» восходит к идишскому слову «низн» (чихать) или к немецкому «niesen» (чихать). Такие фамилии нередко давались как «говорящие» — по характерной черте или случаю. Однако эта гипотеза менее правдоподобна, так как фамилия в чистом виде «Низен» без второго корня встречается в еврейских источниках реже, чем у немцев.

В русском контексте фамилия Низен могла закрепиться у немцев Поволжья или у обрусевших немцев из Прибалтики. Встречается она и у потомков немецких колонистов, переселившихся в Россию в XVIII–XIX веках. Интересно, что в некоторых документах XIX века встречается вариант написания «Низенъ» с твёрдым знаком на конце — это типичная дореволюционная орфография, которая не меняет сути.

Склонять фамилию Низен стоит по правилам мужского рода: Иван Низен, Ивана Низена, Ивану Низену. Женский вариант не склоняется: Анна Низен, Анны Низен, Анне Низен. В отличие от русских фамилий на -ов/-ин, здесь нет окончания, указывающего на принадлежность к роду, поэтому фамилия сохраняет форму в женском роде.