Фамилия Низеева — редкая и неочевидная с точки зрения происхождения. В ней нет распространённого суффикса -ов/-ев, что сразу настораживает: перед нами не патроним (не «чей-то сын»), а скорее прозвищная фамилия, образованная через суффикс -еев. Этот суффикс характерен для фамилий, произведённых от основ на -ей: например, от прозвища Низей или от имени Низа.

В основе, скорее всего, лежит прилагательное «низкий» — не в прямом смысле роста, а в переносном, социальном или характеризующем. В русских говорах «низким» могли называть человека невысокого происхождения, скромного нрава или того, кто жил в низине, в нижней части села. Возможна и связь с прозвищем Низя — уменьшительной формой от «низкий», как в парах «малый — Маля», «глухой — Глуша». Тогда Низеев — это «сын Низея», где Низей — обладатель прозвища.

Версия с тюркским следом менее вероятна, но не исключена. В некоторых тюркских языках есть корень «низ» со значением «тонкий, стройный», однако для фамилии с русским суффиксом -еев такое заимствование нетипично. Скорее всего, Низеева — исконно русская, диалектная фамилия, закрепившаяся в каком-то одном регионе. Из-за редкости она могла возникнуть в среде крестьян или мещан, где прозвища давали по месту жительства или внешнему признаку. География фамилии узкая: встречается в Поволжье и на Урале, что подтверждает её локальный характер.