Фамилия Низенькова — вариант женского рода от фамилии Низеньков, которая образована от прозвища Низенький. В основе лежит прилагательное «низенький» — уменьшительная форма от «низкий». В русских говорах слово «низенький» могло означать не только невысокого ростом человека, но и того, кто жил в низине, в «низу» — так называли нижнюю часть села или улицы. В ономастике это типичная модель: прозвище по внешнему признаку или месту жительства переходило в фамилию через суффикс -ов/-ев.

Суффикс -к- в основе (Низеньк-ов) указывает на уменьшительную форму прозвища. В отличие от фамилий вроде Низовцев (от «низ» как географического понятия) или Низовских (от названия местности), Низеньков подчеркивает скорее личную, бытовую характеристику: «маленький, невысокий человек». Впрочем, нельзя исключать ироничный оттенок — в крестьянской среде прозвища часто давали с долей насмешки, так что Низеньким могли назвать и рослого человека в шутку.

Интересно, что фамилия Низеньков встречается преимущественно в центральных и южных регионах России, особенно в Курской, Воронежской и Ростовской областях. Это объясняется диалектным употреблением слова «низенький» в значении «приземистый» или «живущий в низине» — в южнорусских говорах такие формы были распространены шире. В северных регионах, где преобладали фамилии на -их/-ых (Низеньких), вариант на -ов встречается реже.

В словаре Б. Унбегауна «Русские фамилии» подобные образования относятся к группе «прозвищных» фамилий от качественных прилагательных, которые в XIX веке активно закреплялись за крестьянами после отмены крепостного права. Низеньковы, скорее всего, были выходцами из однодворцев или государственных крестьян, поскольку фамилии на -ов в этой среде фиксировались раньше и плотнее, чем у помещичьих крестьян.

Таким образом, фамилия Низенькова — это отсылка либо к невысокому росту предка, либо к его дому в низине. Написание с буквой «е» в корне (а не «и») — нормативное, хотя в старых метрических книгах изредка встречается вариант «Низиньков», что отражает акающее произношение.