Фамилия Низеньков образована от прозвища Низенький — так в старину называли человека невысокого роста. Основа здесь очевидна: прилагательное «низенький» с суффиксальным наращением -к-, дающим уменьшительно-ласкательный оттенок. В русской ономастике это прямая линия: внешний признак переходил в прозвище, а затем в фамилию. Суффикс -ов в финале — стандартный патронимический маркер, который в XIX веке закрепил фамилию за потомками того самого Низенького.

С точки зрения словообразовательной модели фамилия стоит в ряду с десятками других, произведённых от прилагательных роста: Малышков, Коротьков, Высоков. Но у Низенькова есть одна особенность — двойной суффикс. Сначала -еньк- (уменьшительно-ласкательный, характерный для восточнославянской народной речи), а затем -к- в прозвище. Такое построение встречается реже, чем просто Низов или Низков, и говорит о том, что прозвище давали не просто «низкому человеку», а скорее «низенькому» — с оттенком бытовой фамильярности или жалости.

Географически фамилия тяготеет к центральным и южнорусским губерниям. По данным переписей XIX века, Низеньковы фиксировались в Тульской, Рязанской и Воронежской губерниях — регионах, где основным населением были крестьяне и однодворцы. В дворянских родословных книгах фамилия не встречается, что указывает на её простонародное происхождение: предки носителя фамилии, скорее всего, были крепостными или государственными крестьянами, получившими фамилию при реформах 1861 года или чуть раньше, в ходе массового приписывания прозвищ.

Интересно, что в некоторых говорах слово «низенький» имело и переносное значение — «тихий, скромный, неприметный человек». Поэтому не исключено, что прозвище могло относиться не столько к росту, сколько к характеру. Однако основная версия — антропометрическая, и она подтверждается типологией: в русских фамилиях на -ов прозвища по внешности составляют один из самых массовых пластов.