Фамилия Низеев — одна из тех, где внешняя простота обманчива. На первый взгляд кажется, что корень «низ» очевидно указывает на что-то нижнее: низкий рост, низкое происхождение или место жительства в низине. Но в русской ономастике всё сложнее.

Словообразовательная модель Низеев — это отчество от прозвища или имени, образованного с помощью суффикса -ей. Суффикс -еев (а не более распространённый -ов/-ев) встречается реже и часто указывает на прозвища с уменьшительно-ласкательным или характеризующим оттенком. В данном случае основа «Низей» могла быть вариантом прозвища Низ, Низкий или Низина.

Есть и другая, более правдоподобная версия, которую поддерживают исследователи фамилий на стыке русских и тюркских влияний. В ряде тюркских языков слово «низ» или «ныз» означало «род», «племя» или «происхождение». В таком случае Низей — это прозвище, данное человеку по его родовой принадлежности, например «из такого-то рода». Фамилия Низеев могла возникнуть у русских, живших в зоне контакта с тюркскими народами (Поволжье, Приуралье, южные губернии), где подобные заимствования были обычным делом. Эта версия объясняет и редкий суффикс -ей: в тюркских именах и прозвищах на -ей, -ай часто переходили в русские фамилии именно в форме на -еев.

Географически фамилия Низеев не является массовой. Она встречается рассеянно, но заметное число носителей зафиксировано в Татарстане, Башкортостане и соседних областях. Это косвенно подтверждает версию о тюркском следе: именно в этих регионах русские фамилии с тюркскими корнями — не редкость.

Если же принять чисто русскую версию «от низкого», то прозвище Низей мог получить человек невысокого роста или живший в низине, в «низу» деревни. Однако в этом случае ожидалась бы более привычная форма Низов или Низков. Суффикс -ей в русских прозвищах встречается, но реже, и чаще в ласкательном значении (Ваня — Ваней, Коля — Колей). Так что «Низей» могло быть ироничным ласкательным прозвищем для низкорослого человека.

Таким образом, наиболее вероятно, что предки современных Низеевых жили на границе русских и тюркских земель, и их фамилия сохранила память о родовом прозвище, данном по происхождению.