Фамилия Низенков — характерный пример русской фамилии, образованной с помощью патронимического суффикса -ов. В её основе лежит прозвище или нецерковное имя Низенок. Суффикс -енок в русских фамилиях встречается реже, чем -ов или -ин, и обычно указывает на «малого», «сына» или «детёныша». Низенок — это буквально «маленький низкий», то есть человек невысокого роста или, возможно, младший в роду, носивший прозвище Низкий. Формант -енок особенно характерен для северных и северо-западных регионов России, например, для Новгородской, Вологодской, Архангельской областей, где подобные фамилии (Козенков, Рыбенков) встречаются чаще, чем в центральной полосе.

Прямого географического указания фамилия не содержит, но по модели образования можно предположить, что её носители происходят из тех мест, где было распространено окончание -енок в прозвищах. Само прозвище Низкий могло закрепиться за человеком невысокого роста или за тем, кто жил в низине, «внизу» деревни. Иногда такие прозвища давали по социальному положению — «низкому» в смысле незнатному, простому, но это менее вероятно: в крестьянской среде прозвище чаще отражало внешность или место жительства, а не сословную иерархию.

Стоит отметить, что фамилия Низенков могла возникнуть и от имени Низян (уменьшительное от Низкий) с последующим переоформлением суффикса, но вариант с Низенок выглядит более прямым и логичным. В дореволюционных документах фамилия встречается в основном среди крестьян и мещан, что типично для поздних русских фамилий, закрепившихся после отмены крепостного права. Сравните с однокоренными Низов, Низовцев, Низков — все они восходят к тому же корню «низ-», но с разными суффиксами, что говорит о независимом возникновении в разных регионах.

Таким образом, Низенков — фамилия, которая прямо указывает на внешний признак предка: он был низкорослым, либо на его место жительства. Это не редкая, но и не массовая фамилия, сохранившая в своей структуре архаичный суффикс, который сегодня почти не используется для образования новых фамилий.